Қазақстан Республикасының Салық Кодексінің 429 бабына сәйкес, есепке жатқызылатын қосылған құн салығы сомасының есептiк салықтық кезеңнiң соңында декларация бойынша өсу қорытындысымен қалыптасқан есепке жазылған салық сомасынан асып кетуi (бұдан әрi – қосылған құн салығының асып кетуi) қосылған құн салығы бойынша алдағы төлемдер есебіне жатқызылады.

Қосылған құн салығының асып кетуі импортталатын тауарлар бойынша және (немесе) бейрезиденттен жұмыстар, көрсетілетін қызметтер сатып алу кезінде қосылған құн салығын төлеу есебіне жатқызылмайды.

Нөлдік мөлшерлеме бойынша салық салынатын өткізу бойынша айналымдар жасалған салықтық кезеңнің соңында қалыптасқан қосылған құн салығының асып кетуі, егер бір мезгілде мынадай талаптар орындалатын болса:

1) қосылған құн салығын төлеуші нөлдік мөлшерлеме бойынша салық салынатын тауарларды, жұмыстарды, көрсетілетін қызметтерді тұрақты түрде өткізуді жүзеге асырса;

2) тауарларды, жұмыстарды, көрсетілетін қызметтерді тұрақты түрде өткізу жүзеге асырылған салықтық кезеңде нөлдік мөлшерлеме бойынша салық салынатын өткізу бойынша айналым өткізу бойынша салық салынатын жалпы айналымның кемінде 70 пайызын құрайтын болса, Салық Кодексінің 431-бабында айқындалған тәртіппен өткізу бойынша салық салынатын айналымдар мақсатында пайдаланылатын сатып алынған тауарлар, жұмыстар мен көрсетілетін қызметтер бойынша қайтарылуға жатады.

Нөлдік мөлшерлеме бойынша салық салынатын тауарларды, жұмыстарды, көрсетілетін қызметтерді тұрақты өткізуге, әрбір тоқсанда бір реттен сиретпей кезекті үш салықтық кезең ішінде жүзеге асырылатын нөлдік мөлшерлеме бойынша салық салынатын тауарларды өткізу, жұмыстарды орындау, қызметтерді көрсету жатады. Бұл ретте көрсетілген әрбір салықтық кезеңдегі осындай өткізу тұрақты өткізу деп танылады.

Жоғарыда көрсетілген талаптар орындалмаған жағдайда, қосылған құн салығы сомасының асып кетуі нөлдік мөлшерлеме бойынша салық салынатын өткізу бойынша айналым мақсаттары үшін пайдаланылған тауарлар (жұмыстар, көрсетілетін қызметтер) бойынша есепке жатқызылған салық сомасының бөлігінде қайтарылуға жатады.

Салық Кодексінің 430 бабына сәйкес, келесі бөлек себептер бойынша бюджеттен қосылған құн салығы қайтарылады:

1) Салық Кодексінің 435-бабында айқындалған тәртіппен грант қаражаты есебінен сатып алынған тауарларды, жұмыстарды, көрсетілетін қызметтерді берушілерге төленген;

2) Қазақстан Республикасында аккредиттелген дипломатиялық және оларға теңестірілген шет мемлекеттердің өкілдіктері, шет мемлекеттердің консулдық мекемелері және олармен бірге тұратын отбасы мүшелерін қоса алғанда, дипломатиялық және осы өкілдіктердің әкімшілік-техникалық персоналына жататын адамдар, олармен бірге тұратын отбасы мүшелерін қоса алғанда, консулдық лауазымды адамдар, консулдық қызметшілер Қазақстан Республикасының аумағында сатып алған тауарларды, жұмыстарды, қызметтерді берушілерге Салық Кодексінің 436-бабында айқындалған тәртіппен төлеген;

3) Салық Кодексінің 101 және 102-баптарында айқындалған тәртіппен бюджетке артық төленген қосылған құн салығы бюджеттен қайтарылуға жатады.

Салық Кодексінің 434 бабына сәйкес, қосылған құн салығының асып кетуін қайтарудың оңайлатылған тәртібі қосылған құн салығының асып кетуін қайтаруды салықтық тексеру жүргізбей жүзеге асыруды білдіреді.

Қосылған құн салығының асып кету сомасын қайтару туралы талапты көрсете отырып, қосылған құн салығы бойынша декларацияны ұсынған, салықтық мониторингте кемінде қатарынан он екі ай тұрған және қосылған құн салығы бойынша декларацияны ұсынатын күнге салықтық есептілікті ұсыну бойынша орындалмаған салықтық міндеттемесі жоқ қосылған құн салығын төлеушілердің қосылған құн салығының асып кетуін қайтарудың оңайлатылған тәртібін қолдануға құқығы бар.

Қосылған құн салығының асып кетуін салық төлеушіге қайтару:

1) егер Салық Кодексінің 432, 433 және 434-баптарында өзгеше белгіленбесе, Салық Кодексінің 431 бабында белгіленген тәртіппен және мерзімдерде;

2) салықтық кезеңдегі қосылған құн салығы бойынша декларацияда көрсетілген оның қосылған құн салығының асып кету сомасын қайтару туралы талабы негізінде жүзеге асырылады.

Егер Салық Кодексінің 432, 433 және 434-баптарында өзгеше белгіленбесе, тексеру нәтижелерімен расталған қосылған құн салығының асып кету сомасын салық төлеушіге қайтару мынадай мерзімдерде жүргізіледі:

- қосылған құн салығының асып кету сомасын қайтару туралы талап қойылған салықтық кезең үшін шот-фактураларды жазып беру мен алуды электрондық нысанда ғана жүзеге асыратын, сондай-ақ Қазақстан Республикасының заңнамасына сәйкес айқындалатын тәуекел аймағындағы салық төлеушілердің санатына жатқызылмаған салық төлеушіге – отыз жұмыс күні ішінде;

- қосылған құн салығының асып кету сомасын қайтару туралы талап қойылған салықтық кезең үшін өткізу бойынша жалпы салық салынатын айналымда кемінде 70 пайызды құрайтын нөлдік мөлшерлеме бойынша салық салынатын өткізу бойынша айналымдарды жүзеге асыратын салық төлеушіге – елу бес жұмыс күні ішінде;

- қалған жағдайларда – күнтізбелік бір жүз елу бес күн ішінде.

Бұл ретте қосылған құн салығының асып кету сомасын қайтару мерзімінің өтуі Салық Кодексінің 212-бабы 3-тармағының 2) тармақшасына сәйкес ұзарту кезеңін ескере отырып, осы Кодексте қосылған құн салығы бойынша декларацияны салық органына ұсыну үшін белгіленген соңғы күн өткеннен кейін басталады.